熒光顯微鏡的典型組件是：

• 熒光染料（熒光團）
  • 熒光團是一種熒光化合物，可以在激發光時重新發光。
  • 熒光團通常包含幾個結合的芳族基團，或帶有幾個π鍵的平面或環狀分子。
  • 已經為許多生物分子設計了許多熒光染料。
  • 這些中的一些是小分子，其固有地發熒光并結合感興趣的生物分子。這些的主要例子是核酸染色劑，如DAPI和Hoechst，鬼筆環肽，用于染色哺乳動物細胞中的肌動蛋白纖維。 
• 光源
  • 使用了四種主要類型的光源，包括氙弧燈或帶有激發濾光片的水銀燈，激光器和大功率LED。
  • 激光器主要用于復雜的熒光顯微鏡技術，而氙氣燈，水銀燈和帶有二向色激發濾光片的LED通常用于寬視場熒光顯微鏡。
• 勵磁濾波器
  • 激發器通常是僅通過熒光團吸收的波長的帶通濾光片，從而使其他熒光源的激發zui小化，并阻止熒光發射帶中的激發光。 
• 二向色鏡
  • 二向色濾光片或薄膜濾光片是一種非常精確的彩色濾光片，用于選擇性反射小范圍顏色的光，同時反射其他顏色。
• 發射過濾器。
  • 發射器通常是一個帶通濾光片，它僅使熒光團發出的波長通過，并阻擋該波段之外的所有不想要的光，尤其是激發光。
  • 通過濾除不需要的激發能（包括紫外線和紅外線）或樣品和系統自發熒光，濾光片可確保zui暗的背景。