• 識別固定和活體生物樣品中的結構。 
• 熒光顯微鏡是當今生命科學研究的一種常用工具，因為它允許使用多色染色，細胞內結構的標記以及細胞生理狀態的測量。

熒光顯微鏡的優點

1. 熒光顯微鏡是研究活細胞成像中表現出的動態行為的zui流行的方法。
2. 這源于其在非熒光材料中以高度特異性分離單個蛋白質的能力。
3. 靈敏度很高，足以檢測每立方微米多達50個分子。
4. 現在可以用不同的顏色對不同的分子進行染色，從而可以同時跟蹤多種類型的分子。
5. 這些因素相結合，使熒光顯微鏡在體外和體內成像方面都比其他光學成像技術具有明顯優勢。

熒光顯微鏡的局限性

• 熒光團在稱為“光致漂白”的過程中被照亮時會失去發熒光的能力。當熒光分子由于在熒光過程中激發的電子積累化學損傷而發生光漂白。
• 細胞易受光毒性作用，尤其是短波長光。此外，熒光分子在光照下傾向于產生反應性化學物質，從而增強了光毒作用。
• 與透射和反射顯微鏡技術不同，熒光顯微鏡只能觀察標記有熒光的特定結構。