電子顯微鏡有兩種類型，具有不同的工作方式：

1. 透射電子顯微鏡（TEM）

• 透射電子顯微鏡用于觀察電子可以穿過的薄樣本，從而產生投影圖像。  
• TEM在許多方面類似于常規（復合）光學顯微鏡。 
• TEM尤其用于對細胞內部（薄片）進行成像，蛋白質分子的結構（與金屬陰影形成對比），病毒和細胞骨架細絲中的分子組織（通過負染色技術制備），以及蛋白質分子在細胞膜中的排列（通過冷凍斷裂）。

2. 掃描電子顯微鏡（SEM）

• 常規掃描電子顯微鏡取決于樣品表面二次電子的發射。 
• 由于其聚焦深度大，因此掃描電子顯微鏡是立體光學顯微鏡的EM類似物。
• 它提供了TEM無法實現的細胞和整個生物體表面的詳細圖像。它也可以用于顆粒計數和尺寸確定以及過程控制。 
• 之所以稱為掃描電子顯微鏡，是因為圖像是通過將聚焦的電子束以光柵圖案掃描到樣品表面上而形成的。