顯微鏡可以幫助科學家研究微生物，細胞，晶體結構和分子結構，是醫生檢查組織樣本時zui重要的診斷工具之一。

顯微鏡在科學*域開辟了一個全新的*域，通過使用顯微鏡，科學家能夠發現微生物的存在，研究 細胞的結構，并觀察植物，動物和真菌的zui小部分。

電子顯微鏡有助于在硅微芯片上創建非常細小的電路。掃描顯微鏡要復雜得多，并且比光折射顯微鏡具有更高的放大倍數。
顯微鏡用于診斷世界各地醫院和診所的疾病，顯微鏡可以放大 血液 樣本，因此，醫生可以看到瘧疾寄生蟲攻擊 紅細胞 。

顯微鏡檢查證實可能對該疾病呈陽性的實驗室檢查，技術人員對感染瘧疾的紅細胞 數量進行計數，以使醫生了解該病在患者中的進展情況。

顯微鏡使用簡單可見光 折射透鏡，電子， x射線，和紅外線，它們是用于檢測越來越小的結構，掃描電子顯微鏡能夠解決這遠高于任何較小的病毒 細胞，它們放大視圖微小的病毒，使科學家能夠開發疫苗和治療人類和動物傳染病的方法。

掃描電子顯微鏡可以放大幾百萬倍，以查看分子，病毒和納米粒子，它們使用校正軟件來提高圖像的放大倍率和分辨率，計算機可以幫助納米技術人員使用電動電子顯微鏡只能觀察到只有幾個分子厚的物體。

電子顯微鏡可幫助準備將小表面切成薄片的顯微鏡，顯微鏡可放大硅芯片的圖像，以幫助工程師創建效率更高的電子設備。當在小芯片上安裝更多電路時，硅微芯片的計算能力將會提高。

光學或光學顯微鏡是zui常用和zui古老的顯微鏡，其中 光線通過機器并通過被觀察的標本放大，它們使用專門的相機產生膠片甚至數字圖像，污漬用于載玻片上，以使細胞或結構更容易看到。

電子顯微鏡使用電子束   而不是光來創建圖像，它們用于可視化物體，例如微生物和晶體結構，這些物體太小而無法用光學顯微鏡成像。

探針掃描顯微鏡用于創建相當平坦的物體的圖像，它們使用探針掃描物體的表面，然后使用該軟件將結果呈現為可見圖像。

虛擬顯微鏡使用計算機技術將載玻片上的圖像轉換為電子數據，其分辨率類似于使用光學顯微鏡獲得的分辨率。該技術可以實現載玻片和載玻片上電子數據的傳輸和存儲。還可以遠程查看幻燈片。

顯微鏡用于觀察相對較小的標本，它們  用于觀察器官，細菌和細菌的細胞結構。它們在實驗室中對于看不見的組織和生物體起著非常重要的作用。肉眼清楚地看到。

一個尤其是在分子生物學和組織學（細胞研究）生物學應用的顯微鏡LL分支機構，顯微鏡是研究生物學的主干，生物學家們用它來查看無法通過肉眼看到的細節，如小寄生蟲和小對疾病控制研究重要的生物。